Sau khi Keiki tạm thời tránh cuộc xung đột ngày càng tăng, các lực lượng chống Tướng quân gây ra hàng loạt các vụ lộn xộn trên các đường phố Edo bằng cách dùng các rōnin. Quân đội Satsuma và Chōshū sau đó tiến đến Kyoto, ép triều đình ra chỉ dụ dẹp bỏ Mạc phủ. Sau hội nghị của các daimyo, tước quyền lực của Mạc phủ trong những ngày chết chóc của năm 1867. Lãnh đạo của Satsuma, Chōshū, và các han khác cũng như các cận thẩn, tuy vậy, lại nổi loạn, chiếm giữ Hoàng cung, và tự mình tuyên cáo việc phục hồi Đế quyền vào 3 tháng 1 năm 1868. Keiki trên danh nghĩa chấp nhận kế hoạch này, từ triều đình về nghỉ ở Osaka cùng lúc với từ chức Chinh di Đại tướng quân. Lo sợ sự nhượng bộ bề ngoài ngôi Tướng quân thực chất lại là củng cố quyền lực, cuộc tranh cãi tiếp diễn cho đến đỉnh điểm là cuộc đối đầu quân sự giữa quân đội nhà Tokugawa và các lãnh địa đồng minh với Satsuma, Tosa và Chōshū, ở Fushimi và Toba. Với bước ngoặt của trận đánh thuộc về quân đội chống Tướng quân, Keiki sau đó rời Osaka đến Edo, chính thức chấm dứt quyền lực của nhà Tokugawa, và Mạc phủ đã thống trị Nhật Bản trong hơn 250 năm.

Sau chiến tranh Mậu Thìn (1868–1869), Mạc phủ bị giải thể, và Keiki bị giáng xuống làm một daimyo thông thường. Việc kháng cự vẫn tiếp diễn ở phía Bắc trong năm 1868, và Hải quân Mạc phủ dưới sự chỉ huy của Đô đốc Enomoto Takeaki vẫn cầm cự thêm 6 tháng nữa ở Hokkaidō, họ thành lập Cộng hòa Ezo nhưng chỉ tồn tại được một thời gian ngắn. Sự thách thức này chấm dứt trong trận Hakodate, sau một tháng chiến đấu.